Buhârâ’da hicrî V-VII/XI-XIII. yüzyılları arası “sadr” olarak ilk defa hüküm süren “Burhân Ailesi” bağımsız dini bir idare kurmuş ve Moğol istilasına kadar varlıklarını sürdürmüştür. Şehrin siyasî ve hukukî bürokrasisinin başı anlamında olan “sadr” ünvanlı bu aile, şehir üzerindeki nüfuzu devam etmiştir.
Cengiz Han’ın 616/1220 tarihinde Buhârâ’yı almasıyla şehir, Moğollar tarafından işgal edilip yağmalanarak tahrip edilmiştir. Daha sonra Moğollar’a ve Buhârâ’daki aristokratlara karşı ayaklanma başlatan Mahmûd Târâbî adlı esnaf, şehirde hâkimiyetini güçlendirdikten sonra Mâverâünnehir’in en büyük dini rütbesini taşıyan Burhân ailesinden Ahmed’in yerine 636/1238 yılında Cemâluddîn’in oğlu Şemsuddîn Ahmed’i sadr olarak tayin etmiştir. Bundan sonra da artık sadr görevi bir süre bu ailede kalmıştır.
Sadece sadr göreviyle meşhur olmayıp, aynı zamanda Cemâluddîn Ubeydullâh b. İbrâhîm el-Mahbûbî (ö. 630/1233) ile birlikte VI/XII yüzyıldan itibaren Buhârâ’da önde gelen bir aile olarak kabul edilmiştir. Bu aile, Hanefî fıkıh geleneğinde ilmî özelliğinin yanı sıra, sadr görevini yürüttüğü için siyasette de etkin olmuştur.
Cengiz Han’ın yerini alan Ögedey Han’ın (ö. 639/1241) hüküm sürdüğü 1229-1241 yılları arasında büyük ve kalabalık bir ilim-kültür merkezi haline gelen Buhârâ, 662/1263’te Kubilay ile Arık Söke arasında meydana gelen savaşta, Buhârâlı beş bin kişi katledilip malları yağmalanarak aileler ya öldürülmüş ya da esir alınmıştır.
671/1273 tarihinde Buhârâ, İlhanlılar tarafından işgal edilip yedi gün yağmalanmıştır. Şehir, halkı ile birlikte ateş ve kılıçla tamamen imha edilerek yedi yıl boyunca Buhârâ’da insan yaşamamıştır. Burada yaşayan ilim ehli aileler bu işgalden nasibini alarak özellikle İran sınırları olmak üzere çevre ülke/beyliklere yayılıp ilmî hizmetlerine devam etmişlerdir.