Kayısı çekirdeği kabuk ve içten meydana gelmiştir. Meyve ağırlığının % 12’sini oluşturur. Çekirdek içi bileşim olarak Glikozit, Amigdalin, Nişasta, Yağ ve benzeri maddelerden meydana gelmiştir.
Acı çekirdek ilaç ve kozmetik sanayisinde, tatlı çekirdek ise gıda sanayisinde kullanılmaktadır. Çekirdek içi tohum alındıktan sonra, geriye kalan kabuk yakacak olarak kullanılmaktadır. Yerli kayısı çeşitlerinin çekirdeklerinin içi tatlı olup, yabancı ve zerdali formundaki kayısıların çekirdeklerinin içi ise çoğunlukla acıdır.
Kayısı çekirdeklerinin tatlı olanları çerez olarak tüketilmekte, acı olanlar kozmetik ve ilaç sanayinde hammadde olarak kullanılmaktadır. Ayrıca kayısı çekirdeğinin tohum ve kabuğundan badem yağı, yemeklik yağ, aroma esansı gibi maddeler elde edilmektedir. Amigdalin ya da Vitamin B17 dediğimiz, dünyada en fazla acı kayısı çekirdeğinde yüzde 6 oranında bulunmaktadır. Amerika'da kanser tedavisinde kanser önleyici madde olarak yaygın bir şekilde kullanılıyor olması endüstriyel yapıda dikkate alınması gerekmektedir. Kayısı çekirdeği içi şekerleme ve diğer gıda alanlarında kullanılmakla beraber, bir bölümü de kuru kayısı ile birlikte veya ayrı olarak ihraç edilmektedir.
2000 yılı içerisinde Malatya TSO kayıtlarına göre 3.447.705 kg tatlı çekirdek, 1.084.010 kg acı çekirdek ilimizden satılmıştır. Bu miktarın büyük bir çoğunluğu ihracata, kalan miktarı ise iç tüketimde kullanılmıştır. Ülkemizde 2000 yılı içerisinde 2.954.876 kg kayısı çekirdeği satılmış ve karşılığında 3.103.076 $ gelir elde edilmiştir.