En uygun gübreleme toprak ve yaprak analizi sonucu elde edilen bilgilere göre yapılan gübrelemedir. Bu nedenle 3 yılda bir toprak tahlili yapılmalıdır. 3 yılda bir sonbaharda dekara ortalama 2-3 ton yanmış Hayvan Gübresi verilmelidir. Çünkü hayvan gübresi toprağın havalanmasını, su tutmasını ve topraktaki küçük canlıların faaliyetlerini olumlu yönde etkilemekte ve toprağın verimliliğini artırmaktadır. Ticari gübre kullanımı da yine analiz sonucu eksik, bitki besin maddelerinin karşılanması amacıyla yapılmalıdır. Azotlu gübre kullanımında kullanılacak gübre miktarının yarısı Şubat-Mart aylarında, diğer yarısı da Mayıs-Haziran aylarında verilmeli, kullanılan gübre tırmık veya çapa ile toprağa hafifçe karıştırılmalıdır. Fosforlu gübreler erken ilkbahar veya sonbaharda verilmeli, ağaç taç izdüşümündeki daire çevresine 15-20 cm. derinlikte ve 15-20 cm. genişliğinde açılacak hendeğe verilmeli ve üzeri kapatılmalıdır. Kaysının kalitesinin düzelmesinde etkili olan Potasyum gübresinin yanı sıra demir, çinko, magnezyum, gibi mikro elementler ihtiva eden gübrelerinde ihtiyaç nispetinde ilkbaharda verilmesi gerekmektedir. Organik tarım üretiminde kimyasal girdi kullanmaksızın üretimden tüketime, her aşamasında, kontrollü bir üretim biçimidir. Amaç: toprak ve su kaynakları ile havayı kirletmeden, çevre, bitki hayvan ve insan sağlığını korumaktır. Bu amaçla; biyolojik mücadele yanı sıra, doğal olarak elde edilen gübrelerin kullanımı önem kazanmaktadır. Malatya'da organik tarımla Kayısı üretimi 2004 yılında 131, 2005 yılında 189, 2006 yılında 358 üreticinin olması ve üretim yapanların sayısının her geçen gün artması bu sayının da daha da artacağı yönündeki beklentileri artırmaktadır. 2003 yılında yapılan bir araştırmaya göre, organik tarım Türkiye ortalamasının yüzde 0,1 civarındayken Malatya'da organik tarım alanlarının yüzde 2’yi oluşturması beklentileri artırmaktadır. Klasik tarım yapılan bir kayısı bahçesinde organik tarıma geçilmesi için 3 yıllık geçiş süreci gerekmektedir. Üç yılın ardından ağaçların kimyasallardan arındığını, kimyasallardan arınmasının ardından bu bahçede tamamen organik tarım yapılabilir duruma geldiği görülmektedir. Kayısı ağacının çiçeklenme döneminde Bombus arıların ve faydalı böceklerin üretimi ve ağaç aralarına yerleştirilme şekilleri dikkate alınmalıdır. Bal arısına göre mesafe açısından tembel olan Bombus arıları hava koşullarından daha az etkilenmekle birlikte, çiçeklere daha fazla verimli olmaktadırlar.
Kayısı ağaçlarında görülen hastalık ve zararlılar, kızılleke kabuklu bit, tırtıllar, monilya ve yaprak bitleri olarak bilinirler. Bazı hastalıklarla mücadele kış aylarında başlamalıdır. İlkbahar aylarından itibaren yine hastalık ve zararlılarla mücadeleye devam edilmelidir. İlimizde teknik bilgi ve gerekli altyapı çiftçilere proje sahibi şirketler tarafından sağlanmaktadır. Ayrıca kontrol ve sertifikasyon masrafları da şirketlerce karşılanmaktadır. Organik tarıma üreticilerin ilgi göstermesinin temel nedeni 'pazar garantisi' beklentisidir. Ancak eğitimli kadro eksikliği, uygulamalarda henüz kayısıya yönelik yeterli teknik bilginin noksanlığı, kontrol sertifikasyon bedellerinin yüksek oluşu ve organik tarıma yönelik; kullanımına izin verilen girdilerin bulunmayışı temel problemlerdir. İlimiz organik tarım üretimi ve ihracatı, birçok firmalarca gerçekleştirilmektedir.