Prof. Dr. Necmettin Erbakan’ın Partiden ayrılması ile vekâleten Saadet Partisinin başına geçen Recai Kutan 2004’deki yerel seçimlerde % 4.77’lik oy oranı ile 63 Belediyelik kazanarak başarı sağlar. 8 Nisan 2006’da yapılan 2. Büyük Kongrede Genel Başkan olan Recai Kutan 2007 seçimlerinde % 2.34 oy alır. 26 Ekim 2008 kongresi geldiğinde Numan Kurtulmuş’un, yoğun kulis çalışmaları göze çarpar. Milli Görüş geleneklerine ters olan, kulis çalışmaları ve teşkilatlardan gelen “genç olsun, yakışıklı olsun” gibi inançlarımızın önceliğini değil, toplumun öncelediğine göre bir genel başkan talebi üzerine yapılan istişareler neticesinde genel başkanlık görevini alır. Ancak parti geleneğinde bir ilk yaşanır ve bu görev verilirken partide “Yüksek İstişare Kurulu “ adında bir üst birim oluşturulur. Numan Bey bu kurula karşı sorumlu tutulur.
Saadet Partisinin 3. Büyük Kongresi 26 Ekim 2008 tarihinde yaparken 946 delegenin 924 oyunu alarak Genel Başkan seçilir.
Prof. Dr. Numan Kurtulmuş Genel Başkanlığı Döneminde Milli Görüş tarihinde 4. Kuşak adını verdiği ‘’yeni bir medeniyet’’ adı altında farklı siyasi görüşü ile ’’Saadet Şimdi’’, ‘’Fark var, Saadet var’’ sloganlarıyla partiyi merkeze çekmeye çalışır. Milli Görüşün geleneksel görüşünü taşıyan tabanında bu görüş rahatsızlık yaratmaya başlar. Genel kongreye 1,5 yıl kalmasına rağmen, Erbakan’ın ‘’yapma’’ demesine rağmen sözü dinlenmemiş ve 11 Temmuz 2010 tarihinde 4. Olağanüstü Kongresine karar vermiştir.
Kongre öncesi, Erbakan’ın da onayı bulunan GİK listesine karşı sabaha karşı başka bir liste çıkarmış, durumu anlayan delegenin tepkisi nedeniyle Milli Görüş tarihinde görülmemiş bir kongre sonucu ancak 4. turda 310 oyla Genel Başkan seçilebilmiştir.
Temmuz ayı sonunda Oğuzhan Asiltürk’ün Kongrede yapılan usulsüzlük nedeniyle dava açması sonucu Asliye Hukuk Hâkimi olaya tedbir koyarak Saadet Partisi’ni kayyuma devreder.
10. Sulh Hukuk Mahkemesi Saadet Partisi’nde Olağanüstü kongre’ye çağrı yapması için, Mustafa Kamalak, Hasan Bitmez ve Şerafettin Kılıç’ı görevlendirmiştir.
Olağanüstü kongre süreci sürerken, Teşkilat tabanında da Numan Kurtulmuş ve ekibine karşı tepkiler de iyice artmıştır artık.
21 Ağustos 2010 tarihinde ‘’WOW’’ otelde düzenlenen iftar yemeği olaya son damgasını vurmuş ve 1 Ekim 2010 tarihinde Saadet Partisinden istifa ederek Kongreyi bile beklemeden Partiden ayrılmıştır.
Prof Dr. Necmettin Erbakan ‘’Kayıp Trilyon Davası’’ nedeniyle almış olduğu hapis cezası Türk Ceza Kanununda yapılan değişiklik nedeniyle Nisan 2008’de ev hapsine çevrilir. Erbakan Ev hapsini çekerken Adli Tıp Kurumunun ‘’sürekli Hastalık’’ raporu doğrultusunda Cumhurbaşkanı Abdullah Gül tarafından 19 Ağustos 2008 tarihinde af edilir.