İşbirliği yaptığı güç odaklarının rüzgârıyla 2002 seçimlerinden tek başına iktidar olarak çıkan AKP’ye, gömleğini çıkardığına inanmayan Müslüman kesim de destek olunca Saadet Partisi % 2,5’luk oy oranında kalmıştır.
Bu arada 1998 yılında Fazilet Partisi İstanbul İl Başkanlığına bir akademisyen olarak atanmış olan Prof. Dr. Numan Kurtulmuş aynı zaman da GİK üyeliği de yapmaktaydı. 2002 seçimlerinde tek başına iktidar olarak çıkan AKP’ye, karşı Saadet Partisinin %2,5’da kalmasının parti yönetiminin sorumlu olduğunu bahane eder. Mehmet Bekaroğlu’nun da teşviki ile GİK üyeliğinden istifa etse de yaptığı hatayı anlayarak vaz geçer.
İlerleyen dönemlerde Numan Kurtulmuş, bir yandan akademik kariyerini tamamlamak üzere üniversitede öğretim görevlisi olarak çalışırken, bir yandan da Recai Kutan beyin yanında danışman olarak siyasete ısındırılır. Ancak 2002’deki bu davranışı nedeniyle kafalarda soru işareti bırakır. Danışmanlık görevi sırasında il il gezer ve özellikle ekonomi alanında konferanslar verir. Bu süreçte adı, Genel Başkanlık için konuşulmaya başlanır. Ancak başka adayların da adı geçer. 2006 büyük kongresinde genel başkanlık için kulis çalışmaları yapar ancak parti içindeki büyükler tarafından vazgeçirilir.
Saadet Partisinin 11 Mayıs 2003’te yapılan 1. Olağan Kongresinde Prof. Dr. Necmettin Erbakan Genel Başkan olur. Bu tarihten sonra tekrar aktif siyaset hayatına dönen Erbakan, tabir caizse fırtına gibi esmeye başlar ve bilinen üslup ve tarzı ile eski talebelerini silkelemeye başlar. Her hafta düzenlediği basın toplantıları ve TV konuşmaları ile eski talebelerini ve AKP’yi silkelemeye başlar.
Bu arada Anayasa Mahkemesi kapatılan Refah Partisi döneminde partiye ödenen hazine yardımının peşine düşer. Refah Partisi yönetimi paranın örgütlere gönderilerek harcandığını ileri sürerek iade edemeyince, müfettişler tarafından incelenmeye alınır. O günün parasıyla 1 trilyon olan para ‘’Sahte belgelerle harcanmış gibi gösterildiği’’ ve evrakta sahtecilik yapıldığı iddiasıyla dava açılır. Ancak Mahkeme, eski Refah Partisi Başkan Yardımcıları olan Abdullah Gül ve Abdulkadir Aksu ve AKP Konya Milletvekili Özkan Öksüz hakkındaki alacak davalarının da reddine karar verir. AKP Konya Milletvekili Halil Ürün ise dava konusu kayıp trilyonun 10 milyar liralık bölümünden sorumlu tutulur. Gül ve Aksu ile birlikte eski RP yöneticilerinden Genel Başkanvekili Recai Kutan, Ahmet Tekdal, Oğuzhan Asiltürk, Aydın Menderes, Şevket Kazan, Fehim Adak, Musa Demirci, Abdurrahim Bezci, İbrahim Aktaş ve Muttalip Tatar’la ilgili alacak davaları da reddedilir. Mahkeme, kayıp trilyon davasında asıl faturayı ise kapatılan RP’nin yasaklı lideri Prof. DR. Necmettin Erbakan ve partinin Mali İşlerden Sorumlu Genel Başkan Yardımcısı Rıza Ulucak’a keser. Erbakan ve Ulucak, RP’nin kayıp paralarıyla ilgili davada verilen kararla, Faizi ile birlikte 2 trilyon 644 milyar 616 milyon 570 bin 561 liralık Hazine alacağının tamamından sorumlu tutulurlar. Karar kesinleştiğinde 6 Mart 2002'de ''özel evrakta sahtecilik'' suçundan 2 yıl 4 ay hapis cezasına mahkûm olur. Yargıtay 11. Ceza Dairesi, Erbakan'ın cezasını onar. Yargıtay Cumhuriyet Başsavcılığı, ''Kayıp Trilyon Davası''nda mahkûm olan ve mahkûmiyet kararları kesinleşen Erbakan dâhil 6 kişinin parti üyeliğinden çıkarılması ve partideki organlardaki görevlerine son verilmesini isteyince Erbakan, 30 Ocak 2004'te Saadet Partisi Genel Başkanlığından ve parti üyeliğinden ayrılmak zorunda kalır.